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随着人类基因组学的发展和测序技术的不断进步,二代测序技术已经成为癌症研究的主流技术。癌症研究的样品类型广泛,基因组DNA、新鲜组织、细胞系、单细胞都可适用。你是否看着不同的样品,却因不了解每一种的送样标准而惆怅,那么今天就为大家带来——《癌症送样标准大全》。
基因组DNA
取样要求:基因组DNA所需起始量为1.5μg以上,溶解于TE、AE、ddH2O缓冲液中(如果保存在乙醇中,纯化是要收费的呦),置于1.5ml ep管中,-20℃保存。
运输条件:干冰运输。
新鲜组织
取样要求:如果样本是肿瘤或者癌旁组织,取黄豆大小的新鲜组织1~2粒,约10~20mg,液氮速冻后,-80℃保存,可以保存在RNAlater中。
注意事项:切记不要保存在Trizol中!
运输条件:干冰运输。
血液
取样要求:抽取2-3ml血液样本,置于EDTA抗凝管中,或者加入EDTA/柠檬酸钠抗凝剂,-80℃保存。
注意事项:注意避免反复冻融,注意不要选择肝素或者肝素钠作为抗凝剂。
运输条件:干冰运输。
细胞系
取样要求:细胞系样本须保证细胞量足够,具体细胞数目为大于107 个,加入细胞冻存液(血清+10%DMSO),液氮慢冻,或者收集细胞沉淀,液氮速冻。
运输条件:干冰运输。
单细胞
取样要求:分选出的单细胞样本置于200μl的PCR管中,UV预先照射处理20min,保存于1×PBS buffer(不含Ca2+ 、Mg2+ ),体积在2μl以内,-80℃保存。
运输条件:干冰运输。
cfDNA/ctDNA
如要从血浆中提取cfDNA或者ctDNA,则取血浆3-4ml装于1.5ml无核酸酶离心管中,-80℃保存。干冰运输。
如要从血液中提取cfDNA或者ctDNA,则取血液6-8ml置于cell-free DNA BCT TM管中,常温保存,注意要在72个小时之内分离血浆;或者将血液样品置于EDTA抗凝管中,常温保存,8小时内分离。常温运输。
FFPE贴片/卷片/石腊块
取样条件:FFPE贴片/卷片样本所需厚度为5~10μm,面积大于1.5cm3,数量10~20张,常温或者4℃保存;石腊块所需组织体积大于1.5cm3,常温或者4℃保存。
运输条件:常温运输。
唾液/口腔拭子
取样条件:唾液样本需要大于4ml,使用唾液采集管收集,常温保存。口腔拭子保存于口腔拭子采集试剂盒中。
运输条件:常温运输。
选择何种样本,取决于研究的方向,对于不同的研究思路,选择样本的策略也不尽相同。如果从事致病机理方面的研究,选样时要选取同一亚型的患者;而进行分子分型的研究时,则要选择同一癌种的不同亚型患者。